De Terms of Reference vormen het kader dat de visitatiecommissie meekrijgt voor de beoordeling van het onderzoek. Deze worden vastgesteld door de besturen van de instelling waartoe de onderzoekseenheid behoort. Dat gebeurt – als het goed is – in overleg met de besturen op het niveau daaronder, zoals faculteitsbesturen en directies van instituten.
Als het SEP wordt gevolgd, zou het niet mogelijk moeten zijn dat een bestuur voor al het onderzoek in zijn instelling één referentiekader opstelt (zie p. 30 SEP). Het is van groot belang dat de ToR niet alleen aansluit bij het bereik van de beoordeling (b.v. beoordeling in landelijk kader, of als stand-alone), maar ook bij het karakter van het domein. Dat geldt in het bijzonder voor de meeste domeinen in de Geesteswetenschappen, waar het vaststellen van kwaliteit en impact in veel gevallen op grond van andere criteria gebeurt dan in de natuurwetenschappen en grote delen van de sociale wetenschappen. Dit heeft, bijvoorbeeld, gevolgen voor de keuze van indicatoren.
Het is van groot belang dat de kaders van ToR goed worden afgestemd vóórdat de zelfevaluaties worden geschreven.